MIMIC数据库安装指南

将数据集下载到本地后，就可以开始安装MIMIC数据库啦

提示

如果您觉得安装数据库对您来说比较困难，我们也提供付费的安装服务，具体可以通过QQ群(216420380)咨询技术老师

MIMIC数据库安装环境要求

MIMIC数据库安装不限制操作系统，在常见的Windows、Linux以及MacOS系统中都可以安装

数据库主要是需要大量的硬盘空间，对CPU、内存其他硬件的需求不是很大（内存8GB以上就可以了）

其中 MIMIC-IV-2.2 数据库 的硬盘空间需求如下：

基础数据(ICU和HOSP两个模块)导入需要 70GB 硬盘空间
建立索引需要 26GB 硬盘空间
Derived物化视图导入需要 5GB 硬盘空间

数据集本身需要 100GB 的空间，因此在安装数据库前需要保证硬盘空闲空间至少有 100GB

同时为了保证后续能够正常创建表格以及增加常用索引，建议保留至少 20GB 的冗余空间（即安装前有120GB以上的硬盘空间）

如果后续还要安装其他的模块，则需要预留更多的硬盘空间

MIMIC数据库安装流程

Windows系统安装MIMIC数据库

Windows系统下的详细安装过程可查看公众号文章：

https://mp.weixin.qq.com/s/0BWRtWQV-YtxJO2HflSM-Q

MacOS系统安装MIMIC数据库

MacOS系统下的安装与Windows系统其实是大同小异的

主要的区别是在前面安装PostgreSQL数据库以及解压软件的部分，后续导入数据集的步骤和操作都是一致的，参考windows的步骤即可

MacOS版本的PostgreSQL的下载地址如下：

https://www.enterprisedb.com/downloads/postgres-postgresql-downloads

找到对应的版本后，下载【Mac OS X】类型的安装包安装即可

常见问题

如果这里解决不了您的疑问，又或者是按照方法也解决不了问题等等情况，都可以加入我们的QQ群(216420380)向技术老师寻求帮助，我们会尽我们所能帮助您解决

执行psql命令时报错：无法连接到服务器

如果在执行导入数据集的命令时，提示下图这个错误：

error3

这是因为PostgerSQL数据库没有在运行。可以通过下面的步骤启动数据库：

打开开始菜单，输入 【cmd】，找到 【命令提示符】，右键选择 【以管理员身份运行】
打开终端后可以在左上角看到 【管理员】 的标识。如果没有就重新运行步骤1
确认以管理员身份运行后，先查看数据库的运行状态。输入以下命令后回车执行：
bash
```
sc query postgresql-x64-12
```
- 如果执行后的结果显示的是 STOPPED 就说明数据库没有在运行，接着看步骤4
- 如果执行后显示【指定的服务未安装】，如下图所示
  但你确实已经安装了PostgreSQL的情况，就有可能是你安装的PostgreSQL版本不是12.xx，可以换成你安装的版本再次尝试。
  例如你的版本是PostgreSQL 16.xx，那么就将命令中的12换成16 （后续的命令都要换）
  bash
```
sc query postgresql-x64-16
```
接下来启动数据库。输入以下命令后回车执行：
bash
```
sc start postgresql-x64-12
```
执行后显示 START_PENDING 说明数据库正在启动中
大概等10秒后，再次执行 步骤3 的命令查看数据库运行状态：执行后显示 RUNNING 就说明数据库正在运行了。此时可以尝试重新执行报错时所执行的命令
提示
如果显示 START_PENDING 就稍等一会再试；
如果显示 STOPPED 就说明数据库异常无法正常运行，需要自行排除问题或直接卸载重新安装

导入Derived物化视图时报错：函数unnest(integer)不存在

error1

这是因为最新版的官方导入脚本正在向BigQuery数据库转型，从而导致其中一些脚本在PostgreSQL数据库中无法使用

如果你是通过Github下载了最新版本脚本出现了这个问题，可以加入我们的QQ群，在群文件下载我们提取的前一个版本导入脚本即可解决

相关问题的讨论：https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/issues/717

导入Derived物化视图时报错：编码"GBK"的字符xxx在编码"UTF8"没有相对应值

error2

这个问题是由于客户端的编码方式与服务端不一致导致的。可以将原先需要执行的psql开头的导入命令换成下面的步骤（操作成功后不需要再执行之前的命令）

具体操作步骤如下：

首先连接到数据库。输入下面的命令后回车，根据提示输入密码
bash
```
psql.exe -U postgres -p 5432 -d mimiciv
```
进入数据库后修改编码方式。输入下面的命令后回车
bash
```
\encoding UTF8
```
设置导入错误时停止导入，防止缺失数据。输入下面的命令后回车
bash
```
\set ON_ERROR_STOP 1
```
然后执行导入Derived物化视图的脚本
bash
```
\i postgres-make-concepts.sql
```

导入过程中显示乱码不用理会，只要能一直运行下去直到全部导入结束就没问题了。

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执行psql命令时报错：无法连接到服务器 ​

导入Derived物化视图时报错：函数unnest(integer)不存在 ​

导入Derived物化视图时报错：编码"GBK"的字符xxx在编码"UTF8"没有相对应值 ​